Metamorph es un programa creado para permitirnos reemplazar archivos dentro de un .jar o un .apk en el teléfono y para copiar archivos individuales en /system.
Inicialmente para themers (quienes crean temas o themes), pronto se descubrió el potencial para aplicar archivos dex, de recursos (resources), imagenes y xml. Casi todo lo q tenemos dentro de un apk y jar puede ser reemplazado con Metamorph. Tras el salto les dejo un manual de como utilizar este programa, y todos los archivos necesarios.

• Metamorph usa un formato simpre para aplicar cambios a apk o Jars, estos videos en youtube muestran como crearlos (están en inglés):

http://www.youtube.com/watch?v=fX2xbY4nSd4 (Video 1/4)

http://www.youtube.com/watch?v=Dvps2501CAg (Video   2/4)

http://www.youtube.com/watch?v=3iu5AHF-Zew (Video 3/4)

http://www.youtube.com/watch?v=sgVL-0E8Rh8 (Video   4/4)

• Para decirle a metamorph exactamente q hacer tienen que incluir un Archivo de Control de Tema o (Theme Control File). Este tiene que estar en el directorio root del template y debe tener el MISMO NOMBRE que el template (otro video en ingles explicando como crearlo): http://www.youtube.com/watch?v=maVS7ovS7rg (Video 1/1)

OJO: Usen un programa como notepad++ o similar para editarlo, no el block de notas, ya que el Theme Control File tiene q estar en
formato ANSI. Tambien pueden modificar alguno de los que dejo en los ejemplos.

• No se puede comprimir los zip templates de Metamorph.

• No se pueden cambiar archivos de programas bajados del market (algunos si, pero la gran mayoria vienen firmados por los creadores del programa, por lo cual si cambiamos algo el checksum da distinto y el programa no anda más).

Antes de ir a los papeles, hay dos cosas q quiero que queden claras:
1- No va a pasar nada que vos no quieras -> NO! Lamentablemente usar este programa puede hacer que su teléfono se quede sin bootear (si cambian un archivo donde no deben).
2- No te va a doler -> Siempre y cuando hagas antes un nandroid backup al que puedas volver si algo salio mal.

Como Uso Metamorph?
Una vez que ya se bajaron un tema, o ya crearon uno, tienen q ejecutar Metamorph para aplicarlo. Cuando abren la aplicación después de haberla bajado les va a aparecer lo siguiente:

Tienen dos opciones, una para cada variante de tema (y lo unico que cambia es el formato del archivo que van a buscar):

1) Pick Theme -> Sirve si el tema que bajaron o crearon está en un zip
2) Existing Theme -> Si el tema que quieren aplicar no está en un zip (tienen que buscar el archivo .thm)

En este caso, les voy a decir que apliquen un Existing theme (lo dejo adjunto en el post, lo que hace es reemplazar el ícono de gmail por este que modifiqué yo para que quedé bien con el helix launcher)

Pasos
1) Despues de abrir metamorph, toquen en Existing Theme y naveguen hasta donde se encuentra el .thm del theme que bajaron (si descomprimen el GMailMod.zip en el root de la sd va a estar en /sdcard/GmailMod/)

2) Hagan click en el archivo GmailMod.thm y eso les va a cargar ese Theme Control File y les va a mostrar la siguiente pantalla:

Lo que dice es:
Metamorph 1.9.4                                 -> Version del programa
You have chosen: GmailMod.zip          -> Nombre del Mod
Made for Rom: 2.0.1                            -> Esto lo pone el autor del tema en el .thm para orientar a quienes quieran usar el tema
Made for Version: Milestone                -> Igual que el de arriba… de más está decir que presten mucha atención a estos.
Here are the sub themes
Gmail.apk                                             -> Estos son los apks que va a modificar el tema, puede tener mas de uno tranquilamente

3) Por último, le dan a Apply All! y cuando termina de procesar, tienen una aplicación con icono cambiado (en este caso)

ARCHIVOS NECESARIOS:

www.tuandroid.com/archivo-utiles/stericson.xda.metamorph.apk

www.tuandroid.com/archivo-utiles/GmailMod.zip

Fuente